Dejiny múzea na hrade Červený Kameň začínajú krátko po odchode posledného vlastníka do zahraničia. Karol Pálfi hrad opustil v marci 1945 – pred príchodom postupujúcej Červenej armády odišiel do Rakúska spolu so svojou matkou, ktorá s ním hrad obývala.
Hrad bol už za prvej republiky považovaný za objekt s veľkou pamiatkovou hodnotou a už od počiatku 20. storočia bola časť reprezentačných priestorov hradu sprístupnená počas nediel a sviatkov prípadným záujemcom o prehliadku hradu. Pálfiovci tak verejnosti sprístupnili časť priestorov, ktoré užívali, súkromné obytné priestory však oku návštevníka samozrejme zostávali skryté.
Po druhej svetovej vojne starostlivosť o pamiatkové objekty prevzala Národná kultúrna komisia, ktorá vznikla v roku 1946. Jej úlohou bolo sústrediť vzácne nábytkové mobiliáre, predmety výtvarného a úžitkového umenia, historické knižnice a šľachtické archívy z objektov, ktoré boli bývalými majiteľmi opustené a často krát voľne prístupné.
V roku 1946 sa v priestoroch hradu Červený Kameň začali zhromažďovať torzá skonfiškovaných interiérových zariadení z iných bývalých šľachtických sídiel západoslovenského kraja a postupne sa začalo i s nutnými opravami hradného objektu.
Dňa 22. októbra 1949 bol hrad sprístupnený verejnosti na kultúrne účely a 24. decembra 1949 bol spolu s ďalšími 13 objektmi vyhlásený za národný kultúrny majetok.
Na hrade boli medzičasom sústredené cenné umelecké predmety pochádzajúce z 31 zámockých objektov a 2 kláštorov, ktoré vytvorili základ dnešných zbierok múzea. V tejto prvej fáze trvajúcej do roku 1960 prešiel hrad viacerými menšími či väčšími rekonštrukciami, ktorých cieľom bolo udržanie prevádzkyschopnosti múzea. Zároveň intenzívne prebiehalo reštaurovanie zbierok, najmä predmetov zo zbierky nábytku a obrazov.
V roku 1960 prešiel vtedajší Štátny hrad Červený Kameň pod správu Krajského národného výboru v Bratislave. V roku 1967 prišlo k zmene názvu na Západoslovenské umeleckopriemyslové múzeum Červený Kameň, čo znamenalo definitívne upevnenie postavenia hradu ako múzea s jedinečnými zbierkami.
V roku 1970 sa štatút múzea opäť zmenil a múzeum získalo celoslovenskú pôsobnosť pod názvom Múzeum Červený Kameň ako špecializované historické múzeum dokumentujúce spôsob bývania a život šľachty.
V roku 1970 bol hrad vyhlásený za národnú kultúrnu pamiatku.
Postupne sa zhoršujúca statická situácia hradného paláca si vyžiadala generálnu rekonštrukciu budovy i priľahlého areálu spojenú s pamiatkovou obnovou komplexu, ktorá začala v roku 1976.
Rekonštrukčné práce na hradnom paláci skončili v roku 1998.
Od roku 1979 dodnes (s krátkou prestávkou) je Múzeum Červený Kameň súčasťou Slovenského národného múzea ako jedna z jeho špecializovaných zložiek, pričom zameranie múzea sa nezmenilo.
Aj jeho stála expozícia, ktorej posledná časť bola otvorená v r. 1997, je zameraná na kultúru bývania šľachty.
Múzeum svoje zbierky pravidelne zapožičiava na výstavy doma i v zahraničí a samozrejme ich sprístupňuje pre návštevníka i formou výstav na hrade. A dodnes v hradnom paláci a v predhradiach pokračuje s menšími rekonštrukčnými a reštaurátorskými prácami.